环氧乙烷灭菌器装载灭菌物品时，应始终使用装载篮或架子。不要超载。整理装载篮里的物品，确保水蒸气和EtO在物品间流通顺利。竖放。摆放包裹，使一个纸塑袋的透明面对着相邻袋子的不透明面。确保器械不接触灭菌腔的四壁。为了加强实用性，将相同通风解析时间的物品进行满载灭菌。满载可以是灭菌袋、包裹、硬质容器，或由不同包装类型组成。满载的定义是在灭菌单元内，在不阻碍空气排除、装载加湿、灭菌因子穿透和解析条件下的装载数量。在美国，环境保护总署（EPA）有医用环氧乙烷灭菌器排放国家标准要求，对没有空气污染控制设备的医院要按满载运行管理，除了医疗需要时。记录所有EtO灭菌器的循环日期和时间，标注任何一次由于医疗需要而没有进行满载灭菌的事件。

环氧乙烷灭菌流程步骤：装载--加热--保温--预真空--保压--加湿--加药--灭菌--清洗--解析。装载：被灭菌物质在灭菌室的包装形式、摆放位置--主要影响环氧乙烷的穿透性、环氧乙烷在灭菌室内的气体循环性、室内温度湿度分布的均匀性。装载量通常小于80%。加热：灭菌室应被加热至预设定温度，通常温度范围在30~65℃。在此范围内，随着温度的升高，环氧乙烷的杀菌作用加强，同时也能增强其穿透力和缩短灭菌作用的时间。但是当温度高到足以使药物发挥作用时，再升高温度，则杀菌作用亦不再加强。通常选择的温度是54°C±10°C。保温：目的是维持灭菌室内的温度稳定，通过温度传感器确认灭菌室内温度符合要求（传感器的位置，通常为灭菌室内极限位置）。

环氧乙烷能有效杀灭各种微生物，其杀菌机理主要是EO能与蛋白质上羧基（-COOH）、氨基（-NH3）、羟基（-OH）等发生反应，使蛋白质失去活性而致使微生物死亡。灭菌时，温度和湿度要求很重要，当温度低于35℃或相对湿度低于25%时，达不到灭菌效果，即使延长灭菌时间也无效。灭菌周期与灭菌作用时间灭菌周期：灭菌全过程。包括预处理、抽真空、加EO、EO作用过程、换气等一系列步骤的时间。灭菌作用时间：加EO结束至换气前的时间。环氧乙烷化学性质活泼，与催化剂接触可引起化学反应，这种反应随温度、压力和水量的增加而加快，产生黄色的粘稠物质，容易堵塞管道，影响灭菌效果。化学性质较为稳定的气体混合使用（如：CO2、N2），能降低成本、增加安全性。

环氧乙烷灭菌的原理：抑制生物酶活性：环氧乙烷能抑制微生物各种酶的活性，如磷酸脱氢酶、胆碱脂酶及其他氧化酶等，阻碍了微生物正常代谢过程的完成，导致其死亡。成都ETH环氧乙烷解析对微生物的杀灭作用：环氧乙烷液体和气体均有较强的杀微生物作用，相比之下，气体的杀微生物作用更强，在消毒灭菌上一般多用其气体。ETH环氧乙烷解析烷基化作用：环氧乙烷杀灭各种微生物的作用机制，主要是烷基化作用，作用的位点是蛋白质和核酸分子中的疏基(-SH)、氨基(-NH2)、羟基(-COOH)和羟基(-OH)等，环氧乙烷可使这些基团发生烷基化反应，使微生物这些生物大分子失去活性，从而致死微生物。环氧乙烷属高效广谱灭菌剂，对细菌繁殖体细菌芽胞、真菌、病毒均有强大的杀灭灭活作用。