环氧乙烷灭菌器装载灭菌物品时，应始终使用装载篮或架子。不要超载。整理装载篮里的物品，确保水蒸气和EtO在物品间流通顺利。竖放。摆放包裹，使一个纸塑袋的透明面对着相邻袋子的不透明面。确保器械不接触灭菌腔的四壁。

为了加强实用性，将相同通风解析时间的物品进行满载灭菌。满载可以是灭菌袋、包裹、硬质容器，或由不同包装类型组成。满载的定义是在灭菌单元内，在不阻碍空气排除、装载加湿、灭菌因子穿透和解析条件下的装载数量。

在美国，环境保护总署（EPA）有医用环氧乙烷灭菌器排放国家标准要求，对没有空气污染控制设备的医院要按满载运行管理，除了医疗需要时。

记录所有尾气处理装置的循环日期和时间，标注任何一次由于医疗需要而没有进行满载灭菌的事件。

设备管理员负责确保所有对EtO灭菌器操作或维护的人员都进行操作和安全使用培训。此外，设备管理员负责确保在灭菌人员日常使用前完成安全性检查。联系服务人员进行必需的安全性检查。

负责管理EtO灭菌器的人应该是能够胜任器械再处理所有过程的有资质的人员，再处理过程包括：去污、准备、包装、灭菌、无菌物品存储和无菌器械发放。

在操作任何灭菌器前，应阅读并始终遵循制造商操作手册的程序。重视“警告和注意事项”避免发生人员伤害、灭菌器或医疗器械损坏的不安全操作。